Với Ba Nhàn, Tiền Bột

Đầu năm 1834, từ Trung Quốc trở về, để tăng sức mạnh và cũng để phân tán lực lượng của quân triều, Nông Văn Vân ngầm liên kết với hai thủ lĩnh cuộc nổi dậy ở Sơn Tây là Lê Văn Bột (Tiền Bột) và Nguyễn Văn Nhàn (Ba Nhàn). Sự kiện này được sử nhà Nguyễn là Quốc triều sử toát yếu chép như sau:

Năm Giáp Ngọ (1834), tháng 6 (âm lịch)... Tướng giặc tỉnh Sơn Tây Lê Văn Bột, Nguyễn Văn Nhờn theo lời nghịch (Nông Văn) Vân tụ đảng hơn 6,7 ngàn người... Tỉnh thần đem việc phi tâu lên. Ngài (Minh Mạng) dụ quan Tổng đốc Hà Ninh là Đoàn Văn Trường, Tổng đốc Ninh Thái là Nguyễn Đình Phổ, với Lê Văn Đức bốn mặt hội lại đánh giặc...[43]

Theo sách Bắc Kỳ tiễu phỉ (Quyển 50), thì Ba Nhàn và Tiền Bột định đưa quân lên Tuyên Quang cả thảy 2 lần để hiệp đồng với Nông Văn Vân nhưng đều không thực hiện được.[44]

Với Lê Văn Khôi

Nông Văn Vân là anh vợ của Lê Văn Khôi. Khi cuộc binh biến ở thành Phiên An nổ ra, vua Minh Mạng liền ban mật dụ cho các quan tỉnh Cao Bằng là phải tìm bắt cho được vợ con và thân thích của Lê Văn Khôi. Cuộc truy nã kéo dài ngót ba tháng, hàng trăm người lần lượt đã bị bắt giữ. Ngoài ra nhà vua cũng ra lệnh đón chặn các đường biển và đường núi, không cho quân nổi dậy cùng vũ khí từ Gia Định kéo ra Bắc và ngược lại...[45]

Sau khi nghiên cứu Tộc phả Bế-Nguyễn và một số tư liệu khác, bước đầu GS. Nguyễn Phan Quang đã đưa ra một ý kiến như sau:

Kế hoạch phối hợp nổi dậy giữa Lê Văn Khôi và Nông Văn Vân đã được ghi trong "Bản triều bạn nghịch liệt truyện" của Kiều Oánh Mậu và trong một số truyền thuyết ở Cao Bằng... Cả hai ông đã thống nhất một ý đồ chung là phát động cuộc nổi dậy đồng thời trong phạm vi cả nước nhằm lật đổ triều Nguyễn... Rõ ràng không phải Lê Văn Khôi nổi dậy chỉ nhằm mục đích trả thù cho Lê Văn Duyệt, càng không phải vì thân thuộc của Lê Văn Khôi ở Cao Bằng bị truy nã mà nổ ra cuộc nổi dậy Nông Văn Vân... Ý đồ trên đây đã chuẩn bị từ lâu và được xúc tiến khẩn trương khi Minh Mạng lên ngôi...[46]